En el verano del 2002 Mancini regresa a la Lazio, esta vez en veste de entrenador del primer equipo. En la temporada de debut obtiene el cuarto puesto en campeonato que quieres decir Champions League.
El año siguiente el banquillo blanco-celeste lo ve vencedor del edición 2003/04 de la copa de Italia, la cuarta para el club del presidente Cragnotti, la segunda de entrenador para Mancio después de esa conquistada con la Fiorentina. A la guía de la Lazio roza la final de la copa Uefa después de haber alcanzado en semifinal el Oporto que después ganara la competición.
El matrimonio con los blancos-celestes, después de un 4º y un 6º puesto en campeonato, termina en el verano del 2004.
