Pendant l’été 2002 Mancini va retourner à la Lazio, cette fois-ci comme entraineur de la Première Equipe. Dans la toute première saison il obtient la quatrième place en championnat, c'est-à-dire la Champions League.
L’année après avec les « bianco-celesti » il va gagner l’édition 2003/04 de la Coppa Italia, la quatrième pour le club du président Cragnotti, la deuxième comme entraineur pour Mancio après la victoire de la Fiorentina. A la guide de la Lazio, Mancini va gagner à la finale de la Coppa Uefa après avoir rejoint en demi-finale le Porto qui ensuite gagnera la compétition.
Le mariage avec les « bianco-celesti », après un 4° et une 6° place en championnat va se terminer pendant l’été du 2004.
