Nel 1997 per Mancini si apre un nuovo ciclo: abbraccia il progetto del presidente Sergio Cragnotti e si trasferisce alla Lazio. A Roma Roberto si toglie molte soddisfazioni: conquista il suo secondo scudetto nella stagione 1999/2000, la sua seconda Coppa delle Coppe (1999) e una Supercoppa Uefa (1999). Vince due Coppe Italia (1997 e ‘98) e una Supercoppa di Lega. Già 'allenatore in campo', nel marzo 2000 diventa ufficialmente il vice di Sven Goran Eriksson nonostante continui ancora a giocare.
In biancoceleste segna 24 gol in 112 presenze (87 in Serie A, 2 in Coppa Italia, 9 in Champions League, 6 in Coppa Uefa) prima di trasferirsi in Inghilterra per una breve esperienza al Leicester City nel gennaio del 2001.
