Летом 2002 года Манчини возвращается в клуб Лацио, но уже в качестве тренера команды высшей серии. В первый же сезон в качестве тренера вместе с Клубом занимают 4-ое место в чемпионате, что означает прямое попадание в Лигу Чемпионов.
В следующий сезон «белоголубые» выигрывают Кубок Италии 2003/04. Для Президента Краньотти это был 4-ый по счету трофей в этом виде соревнования. Для тренера Манчини 2-ой после его тренерских достижений с Фиорентиной. Также под управлением Манчини Лацио доходит до полуфинала Кубка УЭФА, проиграв в полуфинале команде (Порто), которая потом и выиграет этот Кубок.
Сотрудничество с клубом заканчивается летом 2004 года после 4ого и 6ого места в Итальянских чемпионатах.
