Роберто приезжает в Болонию в 1997 году в возрасте тринадцати с половиной лет, практически еще ребенком. В 1981 году, в возрасте 16 лет, он входит в состав основной команды клуба. Благодаря тренеру Тарчизио Бургнич, участвует в 30 матчах чемпионата из 30, дебютируя в Серии А против Кальяри.
1 месяц спустя своего дебюта в профессиональном спорте, Манчини забивает свой первый гол в решающий момент в матче Комо-Болонья, который, благодаря этому, закончился вничью 2-2. Всего Манчини было реализовано 9 голов в свой первый же сезон в Серии А, после чего был назван лучшим «голистом» (goleador) команды.
Оставляет клуб «красноголубых» во время чемпионата (1981/82), когда команда была отправлена в Серию Б.
