Первый раз Манчини выступает за Сборную Италии 26-ого мая 1984 года в возрасте 19 лет. Энцо Беарцот решает тогда в пользу его дебюта в сборной во время дружеского матча Канада-Италия в Торонто.
Его участие в Сборной Италии была охарактеризовано взлетами и падениями, как сам Роберто однажды заявил в интервью газете «Corriere della Sera» в 2009 году:
«(...)Энцо Беарцот взял меня в сборную и привез в Нью-Йорк в турне. У нас был строгий режим и мы должны были ложиться спать очень рано. Я же отправился гулять с другими членами команды и вернулся только под утро. Беарцот был в ярости. Мне пришлось потом дорого заплатить за мою выходку, хотя это было справедливо. Затем я отказался следовать Арриго Сакки по Америке. Еще одна моя ошибка, которая мне также дорогого стоила. Сейчас я могу сказать, что я очень сожалею об этих эпизодах, но, конечно, уже слишком поздно».
Защищая Италию на мировой арене, Манчини учавствовал в общей сложности в 36 матчах и забил 4 гола: 1 гол в матче Италия – Западная Германия (1-1) в первом туре Euro 1998, 2 гола в квалификационном матче Италия-Мальта в Чемпионате Мира США 1998, 2ой по счету гол в квалификационном матче Италия-Эстония в Чемпионате Мира США 1998.
